IIIº ventrículo: cavidade do diencéfalo.

Cápsula interna: importante conjunto de fibras de projeção do telencéfalo, contém a maioria das fibras que entram ou saem do córtex cerebral. As fibras que se dirigem ao córtex vêm do tálamo, sendo denominadas radiações talâmicas. As fibras originadas no córtex formam os tratos descendentes (córtico-espinal, córtico-pontino e córtico-nuclear, dentre outros). A cápsula interna separa o tálamo, medialmente, do núcleo lentiforme (putamen + globo pálido), lateralmente. Acima do núcleo lentiforme se continua como coroa radiada e inferiormente, com a base do pedúnculo cerebral. Possui três partes: ramo anterior, ramo posterior e joelho.

Claustrum: núcleo telencefálico cuja função parece estar relacionada à atenção visual, juntamente com o pulvinar do tálamo.

Colículo superior: relacionado aos movimentos dos olhos e atenção visual, recebe fibras do trato óptico através do braço do colículo superior.

Comissura anterior: comissura telencefálica, interconecta partes dos lobos temporais e algumas fibras olfatórias.

Comissura habenular: comissura que conecta os núcleos habenulares. Estes núcleos fazem parte do epitálamo e participam de conexões do sistema límbico. Uma aferência aos núcleos habenulares é a estria medular do tálamo e principal eferência, o fascículo retroflexo, que se destina a formação reticular do mesencéfalo. Através da via habenular, o sistema límbico influencia a formação reticular do tronco encefálico.

Comissura posterior: fibras do teto do mesencéfalo que cruzam para o núcleo de Edinger-Westphal (parte eferente visceral do núcleo do oculomotor) contra-lateral. Envolvida no reflexo consensual ou fotomotor indireto.

Corpo caloso: formação do telencéfalo; comissura que conecta os dois hemisférios cerebrais.

Corpo geniculado medial: núcleo talâmico (grupo posterior) da via auditiva.

Corpo geniculado lateral: núcleo talâmico (grupo posterior) da via óptica.

Corpo mamilar: formação do hipotálamo, contém os núcleos mamilares e faz parte de conexões do sistema límbico. Através do fascículo mamilo-talâmico projeta para o núcleo anterior do tálamo.

Fascículo mamilo-talâmico: feixe que se origina nos corpos mamilares para o núcleo anterior do tálamo. Faz parte de conexões do sistema límbico.

Fissura transversa do cérebro: fissura situada abaixo do fórnix e corpo caloso e acima da face superior do tálamo, que contém pia-máter e plexo coróide do teto do IIIº ventrículo.

Fórnix: feixe eferente da formação hipocampal que se dirige para os corpos mamilares, área septal e núcleo anterior do tálamo. Seu nome deriva do latim, “arco”, por se curvar através do sistema ventricular lateral. Descrevem-se as seguintes partes: perna, corpo e coluna.

Formação hipocampal: formação do sistema límbico no lobo temporal. Contém o giro denteado, hipocampo e subiculum. Seu principal feixe eferente é o fórnix, que se projeta para os corpos mamilares (diencéfalo) e área septal (telencéfalo). 

Glândula pineal: situada no epitálamo, glândula endócrina envolvida no ciclo reprodutivo.

Globo pálido: núcleo telencefálico, participa das conexões dos núcleos da base. Possui uma porção lateral ou externa, que estabelece conexões com o núcleo subtalâmico (via indireta) e uma porção medial ou interna, que projeta para núcleos talâmicos envolvidos com o controle motor (ventral anterior e ventral lateral).

Hipotálamo: assoalho do diencéfalo, divide-se em partes pré-óptica, tuberal e mamilar.

Ínsula: lobo do telencéfalo, corresponde a área cortical da gustação.

Lobo temporal: formação do telencéfalo. 

Núcleo caudado: núcleo telencefálico, participa dos circuitos dos núcleos da base envolvidos com o controle motor dos movimentos do globo ocular (corpo do caudado) e com funções cognitivas (cabeça do caudado).

Núcleo rubro: núcleo do mesencéfalo. Nele fazem sinapse fibras do pedúnculo cerebelar superior e deste núcleo se origina o trato rubro-espinal (via descendente).

Pedúnculo cerebral: corresponde à base do pedúnculo, formação do mesencéfalo que contém feixes de fibras descendentes.

Pia-máter: uma das meninges, membrana envoltória do sistema nervoso central que se encontra intimamente aderida à superfície do tecido nervoso.

Plexo coróide: estrutura ricamente vascularizada formada por pia-mater e por células especializadas derivadas do epêndima, que produzem líquor.

Pulvinar do tálamo: núcleo talâmico (grupo posterior), principal aferência do teto mesencefálico e eferências para o córtex de associação parieto-occipito-temporal. Sugere-se que esteja envolvido na organização de comportamentos direcionados a estímulos visuais de interesse.

Putamen: núcleo telencefálico, participa dos circuitos dos núcleos da base envolvidos com o controle motor. Recebe aferências do córtex motor primário e somestésico e, através dos núcleos ventral anterior e ventral lateral do tálamo, atua no córtex pré-motor, motor primário e área motora suplementar.

Quiasma óptico: formação da via óptica. Cruzamento das fibras da metade nasal da retina.

Septo pelúcido: lâminas pares de tecido nervoso que delimitam a cavidade do septo pelúcido. Forma a parede medial do corno anterior e corpo do ventrículo lateral.

Substância cinzenta periaquedutal: local de origem de fibras descendentes que regulam a entrada de estímulos de dor. 

Substância negra: a parte reticular (ventral) recebe aferências do striatum (caudado e putamen) e projeta para o tálamo, colículo superior e formação reticular. A parte compacta (dorsal) contém neurônios dopaminérgicos cujos axônios fazem sinapse no striatum.

Tálamo: formação do diencéfalo, contém núcleos divididos em grupos (anterior, medial, posterior, lateral, mediano), relacionados a funções motoras, sensitivas e límbicas.

Trato óptico: formação da via óptica. Conjunto de fibras cruzadas e não cruzadas da retina que se dirigem ao tálamo, para o corpo geniculado lateral.

Túber cinéreo: área da superfície inferior do hipotálamo. O túber cinéreo contém a eminência mediana, que se continua com o infundíbulo e lobo posterior da hipófise. 

Ventrículo lateral: cavidade do telencéfalo. Descrevem-se as seguintes partes: cornos anterior, posterior e inferior.