Aqueduto cerebral: une o IIIº ventrículo ao IVº ventrículo.

Base do pedúnculo cerebral: porção ventral do mesencéfalo.

Braço do colículo inferior: observado macroscopicamente no teto do mesencéfalo, liga o colículo inferior ao corpo geniculado medial.

Colículo inferior: via auditiva. Recebe o lemnisco lateral e envia para o tálamo, para o corpo geniculado medial (núcleo geniculado medial) através do braço do colículo inferior.

Colículo superior: relacionado aos movimentos dos olhos e atenção visual, recebe fibras do trato óptico através do braço do colículo superior.

Corpo geniculado medial: núcleo talâmico da via auditiva.

Decussação do pedúnculo cerebelar superior: fibras eferentes do cerebelo, provenientes dos núcleos cerebelares, que cruzam o plano mediano e se dirigem ao núcleo rubro e tálamo (núcleo ventral lateral – VL).

Fascículo longitudinal medial: feixe de associação dos núcleos motores do tronco encefálico. No mesencéfalo, as fibras são dos núcleos vestibulares e de interneurônios dos núcleos do abducente e oculomotor, envolvidos na coordenação dos movimentos do globo ocular.

Formação reticular: a formação reticular do mesencéfalo e de partes rostrais da ponte participa de circuitos que envolvem núcleos talâmicos (intralaminares e reticulares), córtex cerebral e hipotálamo, importantes para manutenção da atenção e consciência.

Fossa interpeduncular: depressão situada anteriormente na linha média do mesencéfalo, entre as bases dos pedúnculos cerebrais.  Por aí penetram vasos que nutrem o mesencéfalo, ramos da A. basilar e Aa. cerebrais posteriores.

Lemnisco lateral: pertencente à via auditiva, composto por fibras que fazem sinapse no colículo inferior.

Lemnisco medial: feixe de fibras sensitivas que levam ao tálamo (núcleo ventral póstero-lateral – VPL) impulsos provenientes dos fascículos/núcleos grácil e cuneiforme, relacionados ao tato epicrítico, propiocepção consciente e sensibilidade vibratória. No mesencéfalo, as fibras do lemnisco medial situam-se em um eixo medial-lateral.

Núcleo mesencefálico do trigêmeo: recebe impulsos proprioceptivos dos músculos da mastigação. O núcleo mesencefálico contém corpos de neurônios pseudo-unipolares, sensitivos.

Núcleo e Nervo oculomotor: o núcleo contém neurônios motores cujos axônios formam o nervo oculomotor, III par de nervo craniano, com fibras eferentes somáticas para a maioria dos músculos extrínsecos do globo ocular e fibras eferentes viscerais pré-ganglionares parassimpáticas para o gânglio ciliar e deste, para os músculos ciliar e esfíncter da pupila.

Núcleo rubro: recebe fibras do cerebelo (núcleo denteado), envia fibras para o núcleo olivar inferior e origina as fibras do trato rubro-espinhal.

Núcleo do troclear: núcleo motor do IVº par craniano, com fibras eferentes somáticas para o músculo oblíquo superior contralateral do globo ocular.

Pedúnculo cerebelar superior: fibras eferentes do cerebelo, que cruzam o plano mediano no mesencéfalo (decussação dos pedúnculos cerebelares superiores).

Substância cinzenta periaquedutal: local de origem de fibras descendentes que regulam a entrada de estímulos de dor. 

Substância negra: a parte reticular (ventral) recebe aferências do striatum (caudado e putamen) e projeta para o tálamo, colículo superior e formação reticular. A parte compacta (dorsal) contém neurônios dopaminérgicos cujos axônios fazem sinapse no striatum.

Substância perfurada posterior.  Região da fossa interpeduncular por onde penetram pequenos vasos perfurantes responsáveis pela nutrição do mesencéfalo (ramos da A. basilar e Aa. cerebrais posteriores). 

Trato espino-talâmico lateral: via aferente da dor e temperatura.