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O Herbário UEC é mantido pelo Departamento de Botânica do Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP. No Departamento trabalham 15 professores, os quais atuam nas áreas de Sistemática Vegetal, Botânica Estrutural e Ecologia Vegetal. É um centro de pesquisa e ensino e forma profissionais para atuarem em Universidades e Institutos de Pesquisa de diversas Regiões do Brasil.  Estes professores atuam em dois Programas de Pós-graduação do Instituto de Biologia: Biologia Vegetal e Ecologia.

O Herbário foi fundado em 1974 pelos professores do Departamento e, em 1979 foi registrado internacionalmente no Index Herbariorum sob a sigla UEC. Neste curto espaço de tempo ele tornou-se o terceiro Herbário do Estado de São Paulo, com mais de 148.000 exsicatas.  Isto o torna um dos mais importantes centros de consulta para a Região Sudeste do Brasil. Em 2004 foi considerado como Herbário Fiel Depositário.

A coleção é formada basicamente por materiais provenientes de cerrados e matas das regiões Sudeste, Sul e Centro-Oeste do Brasil.

Além do material proveniente de viagens de coleta, existe material de diversos projetos de florística e fitossociologia, enriquecendo, desta maneira, com espécies de floras locais, especialmente do estado de São Paulo.  Outra fonte importante de obtenção de materiais é a política que o Herbário UEC mantém com diversos Herbários do Brasil e exterior.

Devido às coletas do projeto "Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo" apoiado pela FAPESP e CNPq, UEC teve um crescimento substancial (cerca de 8.000 a 10.000 exsicatas por ano), já que ele é oficialmente o segundo Herbário a receber as coletas realizadas pelo projeto.

Em 1999 o Herbário foi inteiramente renovado devido a um Projeto financiado pela FAPESP.  A coleção, em recintos climatizados, está agora abrigada em arquivos deslizantes, o que significa um crescimento de 53% de sua capacidade original.

A equipe do Herbário tem participação ativa em grandes projetos tais como Floras dos Estados de São Paulo, Mato Grosso e Minas Gerais e Flórulas como da Reserva Ducke, Serra do Cipó, Grão Mogol, Pico do Pai Inácio, Serra do Cabral e Carrancas, tanto como projetos de Teses dos estudantes de pós-graduação, como pesquisas individuais de sua equipe.

A coleção do UEC é usada tanto por professores e pesquisadores do Departamento ou pelos estudantes de pós-graduação e Iniciação Científica.  Também diversos professores e estudantes de outros Departamentos do Instituto de Biologia, como Zoologia e Genética ou de outros Institutos, como Química e Engenharia de Alimentos usam a coleção para identificar o material botânico de seus projetos ou depositar material-testemunho.

O Herbário UEC é visitado regularmente por estudantes ou pesquisadores de outras Universidades e Institutos de Pesquisa do Estado de São Paulo, bem como de outros estados do Brasil e também de outros países.